MySQLでテーブルを作成する際、サロゲートキーとしてidカラムを用意し、データインサート時に自動的に採番を行うようAUTO_INCREMENT属性を設定する場合が良くあると思います。

採番された最新の値は内部で保持されているため、一旦すべてのレコードを削除した場合でも、新しく挿入したレコードのidは1には戻りません。

idの数字自体には意味がありませんので、特にそのままでも問題はないかと思いますが、1にリセットしたい場合は次のクエリを実行します。

ALTER TABLE <TableName> AUTO_INCREMENT=0;

また、Truncateをすると、データの削除と同時にAUTO_INCREMENTの値もリセットされるようです。

TRUNCATE TABLE <TableName>;